Neste livro, o autor estuda as influências da sociedade sobre o indivíduo sem qualquer idealização, retratando rigorosamente a realidade social trazendo para a literatura um Brasil até então ignorada. Nessa tendência naturalista do final do século XIX, Aluísio Azevedo focaliza, nesta obra, problemas como preconceitos de classe, de raças, a miséria e as injustiças sociais. Descreve a vida nas pensões chamadas familiares, onde se hospedavam jovens que vinham do interior para estudar na capital e mais uma parcela da população que se encontra próxima à marginalidade, mas ainda não completamente pertencentes à pobreza e se esforçando para manter aparências.
Diferente do Romantismo, o Naturalismo enfatiza o lado patológico do ser humano, as perversões dos desejos e o comportamento das pessoas influenciado pelo meio em que vivem. Todos os personagens estão à mercê desse olhar cientificista do narrador, que vai desnudando os interesses por trás das ações, evidenciando que todos têm agendas a serem cumpridas nas relações sociais.
Casa de Pensão é uma espécie de narrativa intermediária entre o romance de personagem (caso dO Mulato) e o romance de espaço (caso dO Cortiço). Como em O Mulato, todas as ações de Casa de Pensão ainda estão vinculadas à trajetória do herói, nesse caso, Amâncio de Vasconcelos. Mas, como em O Cortiço, a conquista, ordenação e manutenção de um espaço é o que impulsiona, motiva e ordena a ação. Espaço e personagem lutam, lado a lado, para evitar a degradação. Esse espaço é representado ora pela Corte, num deslumbre provinciano pela metrópole do Rio de Janeiro, ora pela Casa de Mme Brizard, onde o herói vive a vida de todo dia.
As teses naturalistas, especialmente o Determinismo, alicerçam a construção das personagens e das tramas. Nesse romance naturalista, o autor, de carreira diplomática bastante acidentada, move personagens que se coadunam perfeitamente com a análise dos críticos de que seus tipos são, via de regra, grosseiros, não se distinguem pela sutileza da compreensão, nem pela frescura dos sentimentos. São eixos de relações da estrutura da presente narrativa a Província -Maranhão, a Corte -Rio de Janeiro, a casa paterna e a casa de pensão.